"Sonic The Hedgehog 3" je velika avantura. Zemlja se ponovo našla pod prijetnjom ogromne opasnosti – misterioznog Shadowa (glas u originalu: Keanu Reeves).
Malo ko zna išta o ovoj mračnoj figuri, ali jedno je brzo jasno: Shadow posjeduje ekstremnu moć i gotovo je zaslijepljen bijesom i željom za osvetom. Njegova razoriteljska sila prijeti da uništi sve što Sonic i njegovi prijatelji vole, donoseći pustoš širom planete.
I tako, sudbina svijeta opet leži na plećima Sonicu (Ben Schwartz), Knucklesu (Idris Elba) i Tailsu (Colleen O'Shaughnessey). Međutim, ovog puta zadatak je lakše reći nego učiniti. Njihovi uobičajeni trikovi i brzina nisu dovoljni protiv nezaustavljive sile ovog novog neprijatelja. Svaki pokušaj da ga zaustave završava se neuspjehom, ostavljajući ih u bezizlaznoj situaciji.
Naime, trio je u podređenom položaju i shvataju da im treba novi, potpuno neočekivani saveznik kako bi spasili planetu. Vrijeme ističe, a opasnost raste sa svakim prolaznim trenutkom, gurajući ih u očajničku potragu. Pronaći tog saveznika biće ključno, iako možda leži tamo gdje ga najmanje očekuju.