Masovna utapanja pilića carskih pingvina, uzrokovana topljenjem morskog leda uslijed klimatske krize, dovela su do toga da je ova vrsta službeno proglašena ugroženom. Međunarodna unija za očuvanje prirode (IUCN) podigla je status carskog pingvina za dvije kategorije, svrstavajući ga među vrste kojima prijeti izumiranje zbog rekordno niskih nivoa antarktičkog morskog leda.
Carski pingvini ovise o stabilnom morskom ledu koji je čvrsto vezan uz obalu, poznatom kao „fiksni“ led, tokom devet mjeseci u godini. Na njemu legu i podižu svoje piliće dok im ne izraste vodootporno perje. Odrasle jedinke se takođe svake godine mitare (mijenjaju perje) na tom ledu, jer im je potrebno sigurno utočište dok čekaju novo perje za plivanje.
Međutim, globalno zagrijavanje uzrokovalo je rekordno niske nivoe morskog leda na Antarktiku još od 2016. godine. Kada se led prerano raspadne, čitave kolonije mogu propasti u okean, što dovodi do utapanja pilića. Čak i ako se neki spase iz vode, mokri se na ekstremno niskim temperaturama smrznu do smrti.
Tokom 2022. godine zabilježen je kolaps četiri od pet poznatih gnijezdilišta carskih pingvina u Bellingshausenovom moru, pri čemu su stradale hiljade pilića. Slična katastrofa pogodila je i koloniju u Weddellovom moru 2016. godine. Istraživači su ove događaje opisali kao „jezive“ i „izuzetno uznemirujuće“.
U novoj procjeni IUCN-a, carski pingvini preskočili su dvije kategorije ugroženosti, iz „gotovo ugroženih“ u „ugrožene“. Trenutna populacija procjenjuje se na 595.000 odraslih jedinki, a već je zabilježen pad od 10% između 2009. i 2018. godine. Procjene predviđaju da će se populacija prepoloviti do 2080-ih godina zbog daljeg gubitka morskog leda.
Procjena IUCN-a također je pokazala da je klimatska kriza od 2000. godine prepolovila populaciju antarktičkih morskih lavova, i to zbog smanjenja dostupnosti krila (sitnih račića) kojim se hrane. Zbog toga je i ova vrsta skočila za tri kategorije, od „najmanje zabrinjavajuće“ do „ugrožene“.
Populacija je s gotovo dva miliona jedinki 1999. godine pala na 944.000 u 2025. godini. Porast temperature okeana tjera kril u dublje i hladnije vode, čineći ga nedostupnim za ove morske sisare, što je drastično smanjilo preživljavanje mladunaca.
U opasnosti od izumiranja sada je i južni morski slon, kojeg su od 2020. godine pogodila izbijanja ptičije gripe. Bolest je zahvatila četiri od pet glavnih subpopulacija, a u nekim kolonijama usmrtila je više od 90% novorođenih mladunaca. Ova vrsta je sada klasifikovana kao „ranjiva“.