Jedna od najvećih 'kontroverzi' vezanih za popis stanovništva u Hrvatskoj jeste pad broja vjernika.
Tako je zabilježen veliki pad katolika a porast ateista, a reagirala je i Katalička crkva tvrdeći da postoji greška u popisu.
U podacima Državnog zavoda za statistiku piše kako je broj katolika 78,79 posto, no da je "ostalih kršćana" 4,83 posto. Također, navodi se podatak da je protestanata 0,26 posto, pa je upitno ko su ti "ostali kršćani".
Tvrdi se da su oni katolici koji se nisu popisali kao vjernici Rimokatoličke crkve pribrojani "ostalim kršćanima".
Nakon ovoga, oglasile su se i protestantske zajednice preko Informativne protestantske agencije informacijom „da se rezultati popisa stanovništva ne podudaraju s evidencijama samih vjerskih zajednica“. Navodi se primjer općini Tordinci u Vukovarsko srijemskoj županiji, gdje po popisu ima 338 protestanata.
„Ova općina obuhvaća mjesta Tordinci, Korođ, Antin i Mlaku. Korođ je većinsko protestantsko naselje (Mađari reformirane odnosno reformatske konfesije) i župni podaci govore da se radi o broju iznad 300 članova župe. U Tordincima djeluje Protestantska reformirana crkvena općina koja broji preko 150 nominalnih pripadnika ove župe. Tu su i pripadnici drugih Crkava reformacijske baštine pa je zbunjujuće kako je u cijeloj općini broj protestanata 338 (20.40 %). Broj “ostalih kršćana” u općini Tordinci je 48 (2.90 %). Slične nepodudarnosti, kada je broj protestanata u pitanju pojavljuju se i u nekim drugim općinama Osječko-baranjske županije“, javlja IPA, dodajući kako s druge strane „broj praktičnih vjernika nikada nije podudaran s brojem nominalnih vjernika i on je zasigurno mnogo manji od navedenih statističkih podataka“ te da je „moguće da je i broj praktičnih vjernika zapravo u porastu naspram nominalnog vjerništva, no takvi podaci se teško mogu ustvrditi statističkim ispitivanjima i rezultatima“.
